在三藩之乱中，耿虽然第一个投降，他在1676年10月投降，但投降最快的不是他，而是平南王尚可喜。尚可喜于1676年2月21日反清，但同年12月9日再次清剿，不到一年。耿，清初三藩之一，其祖父耿为明朝将军，后起兵反明，号淮。顺治六年，成功镇压李自成、张等农民起义军，清廷改国号荆，与吴三桂、尚可喜等一起被称为清初三藩。1671年，耿仲晶继承靖难王的爵位，守卫福建。1673年，康熙下令“三藩”撤退，耿仲晶却反其道而行之，自称总统、兵马大将军，与吴三桂联手攻打清军。然而，耿崛起不到三年，他就成为了三藩市的第一任藩王。

耿仲晶这个名字简直是一个极大的讽刺。1673年，吴三桂反清。驻守福建的耿仲晶飞旦，并没有协助康熙皇帝讨伐吴三桂。反而看到吴三桂大权在握，想要有利可图，于是和吴三桂一起造反，丢了祖父的脸。1674年，耿屠戮范全家，正式发动靖难王之乱。当时范是福建巡抚，康熙的爱将。康熙听说范殉国后，立即下令软禁耿的两个弟弟，另一方面又派人劝说耿归降。当时吴三桂正处于鼎盛时期，声势滔天。耿仲晶抱紧大腿是自然的，所以他决心反抗。无奈的康熙皇帝不得不打仗。

按理说，耿已经是第三代藩王了，他还是主公，不应该卷入这浑水。而且，他的祖父耿仲明时代，并没有什么突出的表现，一直充当着孔有德的跟班，能混个男爵已经很不错了。康熙十二年十一月，吴三桂在云南抗清，留发换衣。康熙十三年三月，耿在福建造反。康熙十五年十月，耿在抚州向太子康投降。他为什么变化这么快？首先是清廷的强大压力。吴三桂造反后，派人去联系耿仲晶。耿叛乱之初，迅速控制延平、邵武、阜宁、建宁、汀州等地。兵分两路，一路向南进军浙江，一路由耿领兵西进江西，准备与吴三桂会合。

康熙皇帝的策略很明智，那就是解体。当吴三桂谋反的消息传来时，康熙皇帝立即下令平南王、靖南王停止撤藩。耿仲晶崛起后，康熙皇帝起初认为吴三桂是一个叛逃者，现在他是叛乱的倡导者和罪魁祸首。耿三代有恩，属忤逆。于是处死了吴三桂的儿子，只扣留了耿的两个兄弟。此外，耿的儿子娶了尚可喜的孙女。谋反后，尚可喜立即与他划清界限，请求皇帝救孙女一命。最后，随着军事形势的逐渐恶化，耿的一些下属不愿再打仗了，他们胁迫耿向满清政府投降。耿仲晶起兵反清后，率先投降。原因是耿、、吴三桂等盟友自私自利，不顾大局。因此导致军事失利，最终被迫投降。