今天，有人问我，在对两家公司的一批样本进行测序后，如何合并OTU表进行后续分析。

这个问题以前有几个人问过，现在好像很多人都遇到过这个问题。本文将给出一个简短的回答，并给出我的建议。

首先，不管是不是同一个测序公司，其实没有两个OTU表可以直接合并！原因很简单:两个OTU表中的每个OTU不一定对应一个物种。涉及几个因素:

1.嵌合体的识别和去除在每次操作中都有细微的差别。

2.因为Uparse算法本身比较松散，所以每次运行得到的OTU表会有细微的差别。其余的算法是相似的。

3.每个OTU的代表性序列的选择可能不同。

这导致同一个fasta文件运行Uparse两次，结果不会完全一样，数据量越大，差异越大。

所以直接合并OTU表是没有意义的，需要先和公司合并两次fasta文件，才能得到OTU。

建议

可能一批数据已经在公司测试过好几次了。我的建议是不要合并fasta文件来获取OTU进行分析。

首先要做的是检查不同批次之间是否存在较大差异。

你可以把不同的批次分组，先做PCA或者DCA，看看批次是否明显分开。

如果分离明显，说明样品本身可能发生了变化；还是公司的数据库建设、测序平台等因素对结果有很大影响。测序结果必须谨慎使用！

建议再测试一次~