现存最早的中医经络理论文献记载属于湖北张家山汉墓出土的简牍《脉书》。湖南长沙马王堆汉墓出土的另一本书《脉法》表明，腧穴的概念在当时已经初步形成。

“经络”一词最早见于2500年前《黄帝内经》中的“灵枢邪脏腑病形”。“阴阳也一样，不同的名字相似，上下相遇，经脉一致，如无尽的年轮。”。《黄帝内经》成书于战国秦汉时期，标志着针灸理论体系的基本形成。分为《苏文》和《灵枢》两部分，其中《灵枢》全面论述了经络腧穴理论、针灸方法和临床治疗，为日后针灸学术发展奠定了基础。

《黄帝唐明经》成书于西汉末年至东汉延平，是我国第一部腧穴研究专著，是对汉代以前医籍中散见于医籍的针灸腧穴文献的全面总结。成书于汉代的《难经》一书，首次提出了“奇经八脉”和“八分会”的名称，完善了五行经脉的配伍。东汉末年，张仲景写了《伤寒论·杂病》，这是经络理论的灵活运用，运用了六经辨证。

魏晋时期黄普米编纂的《针灸经甲乙》是现存最早的针灸专著。书中记载了349个经络点，有84个点相交。这本书在公元6世纪传到了日本、韩国等国家。晋代葛洪的《抱朴子》和肘后备役季芳的《抱朴子》中提到，唐明刘著颜侧图，简称唐明图，是经络穴位的前、侧、后图。

隋唐时期，孙思邈的《备急图》画了一幅五色的“唐明三人图”，首先包含阿是穴和指寸法。唐代杨尚山对《黄帝内经》太素的注释和对《黄帝内经》及唐明《类》的编纂，将经络腧穴按气血流动顺序排列，开创了循经取穴的先河，对经络腧穴理论体系的完善具有重要意义。

宋初官方编纂的《太平盛辉方》和后来编纂的《圣集总录》都是按经方排穴。北宋翰林医官王编著了《同仁针灸经》，共354个穴位。次年铸造了两个“铜仁”经穴模型，并用石头雕刻，对统一经穴的定位产生了很大的影响。

金代何若愚著有《刘著志微甄宓》一书，经颜明光注释，扩充为《经络刘著真镜》一书，是《经络刘著法》的开山之作。金末元初，窦默撰写了《针灸经络指南》，提出了络脉、横络、丝络、太阳络等经络系统的新观点。元代，华寿编著《奏十四经》，将任督二经与十二经进行比较，对后世影响很大。

明代是针灸学术发展的高潮。杨继洲《针灸大成》影响最大，共收录359个腧穴，是继《针灸甲乙经》之后对针灸的第三次总结..明代，李时珍撰写了《八经考》，补充了《十四经操》。

清代吴倩《针灸心法要诀》载有经穴之歌，首次将经络图与经络图分开绘制。李雪川的《针灸》一书收录了361个经穴，是对经穴的又一次总结，经穴的数量一直沿用至今。清代，药物的应用和返还有所发展。颜希庭等的《本草纲目》、赵观澜的《医学指南》、姚澜的《本草分经》都将经络理论与药物相结合，认为“由经络引起的疾病要用由经络引起的药物来治疗”，为经络辨证用药奠定了基础。