清代的司法机构主要沿袭明代，除了衙门设立和司法审判的程序之外，在监狱的设置上也大致如此。清代全国监狱有二千多处，凡府、州、县必设监狱。其中，省城的臬司衙门专门拘禁定罪并于秋审处决的犯人。其他各监狱无种类之分，无轻重之别，不同罪行的犯人基本上都关在同一个监狱。
除了地方上的设立的监狱外，京师中也有几处属于朝廷直属的监狱，主要是刑部南北二监、盛京刑部监狱、宗人府空房、内务府慎行司监狱和步军统领衙门监狱。
1，刑部南北二监
刑部监狱属于刑部提牢厅和司狱司管理，原来刑部只有北监一处，雍正时期增添了南监。南北二处监狱主要关押外省送京城秋审死囚和京师死囚重犯，也就是说进了刑部大狱的罪犯，乃是朝廷钦定重犯，不是被处斩就是死缓。
刑部二监规模并不是很大，关押犯人大致在800人左右。按例，官犯一般关押在北监，蒙古族及少数民族犯人关押在南监。同时，北监还设有女监。
2，盛京刑部监
盛京刑部监狱设置于天聪五年，入关后顺治皇帝裁撤盛京六部。因为盛京乃是龙兴之地，此后又陆续恢复了各部建制，康熙元年，复置刑部。盛京刑部主要职责是裁判盛京旗人之间、旗人与汉人、蒙古人之间的犯罪。其监狱所关押的犯人仅限于盛京一地。
3，宗人府空房
宗人府是管理宗室的衙门，因此宗人府空房主要是监禁皇室宗族犯罪案犯，也称为“高墙”。清代对宗室和觉罗是有优待的，一般情况下，宗室、觉罗间并没有重罪，从顺治年间到咸丰年间，史料上还没有记载有宗室被处斩的记录。辛酉政变后，肃顺成了第一个被开刀问斩的宗室大臣。
照例，宗室人员如果有人犯下人命罪，可以在刑罚上得到优待，最重的仅被革掉爵位，圈禁宗人府，而且往往还会得到恩赦。如乾隆五十五年，乾隆帝八十大寿时谕令加恩宗人府关押人犯，根据情节予以重新定罪，很多宗室成员都被无罪释放并恢复了爵位。
4，内务府慎刑司监
内务府所辖的旗人、太监、匠役犯罪，皆受慎刑司大处置，其罪犯关押于慎刑司监狱。清代内务府与宗人府共同管理皇室的事务，内务府大臣对上三旗也有一定的裁决权，凡是上三旗包衣犯罪，由内务府报刑部审断，该当死罪者交三法司共同审议。
和宗人府一样，内务府的包衣都是皇帝的家奴，他们犯罪同样也会得到一定的优待，他们被关押在刑司监狱中，所享受的各种待遇也明显高于刑部南北二监，这是皇帝对自家人的照顾。
5，步军统领衙门监狱
步军统领衙门是专门管理满洲、蒙古、汉军八旗步兵，到康熙十三年时又兼管京城九门事务。康熙时期规定：“凡审理八旗三营、拿获违禁、犯法、奸匪、逃盗一应案件，审系轻罪，由步军统领衙门自行完结，徒罪以上，则送刑部定拟。”
因为步军统领衙门具有一定的审判权，因此其下便设有监狱，只不过步军统领衙门监狱所关押的是那些八旗兵丁罪行较轻的罪犯。
清代的监狱除了朝廷直属监狱和地方监狱外，还有一些非正式监狱机构，如班房、店仓、差馆等。大多数时候，那些没有经过审理定罪的临时犯人，都被关进了这些非正式监狱。
实际上，清代的监狱中会发生很多龌龊之事，或敲诈、或草菅人命这些事情往往都发生在班房，而罪犯一旦定罪进入监狱服刑，那就受到了法律的保护，各罪犯都得登记造册最终送交刑部，对于这些罪犯，牢头和衙役们是不敢轻举妄动的。
