干细胞通常有两种分类方法:

第一种分类方法是将干细胞按照发育阶段分为胚胎干细胞和成体干细胞。

第二种分类方法是根据干细胞的发育潜能将其分为三类:1)多能干细胞，2)多能干细胞，3)多能干细胞。

胚胎干细胞是发育等级较高的多能干细胞，而成体干细胞是发育等级较低的多能或多能干细胞。众所周知，胚胎的分化和成体组织的再生是干细胞进一步分化的结果。

胚胎干细胞无所不能，具有分化为人体所有组织器官的能力。成体组织或器官中的干细胞一般被认为具有组织特异性，只能分化为特定的细胞或组织。然而，这一观点目前受到了挑战。最新研究表明，在特定条件下，组织特异性干细胞还具有分化为其他类型细胞或组织的潜能，这不仅为干细胞的应用开辟了更广泛的空范围，也在一定程度上动摇了所谓的“多能、多能、多能干细胞的分类”。