说到微生物多样性测序，大家的第一反应可能是PE250或PE300二代测序，但这只能针对细菌16S rDNA和真菌ITS或18S的某个可变区进行测序。显而易见的问题是测序阅读的长度。随着第三代测序的兴起，基于其超长的阅读长度，可以直接获得变异区域的所有序列信息，真正实现“物种”的分类鉴定！！！全长16S/18S/ITS测序获得的所有变异区域的序列信息，不仅可以提高物种鉴定的分辨率，还可以提高样品中微生物组成鉴定的准确性，从而更真实地还原样品中的微生物群落结构。
Pacbio全长微生物多样性原理
CCS文库测序原则/对应于单碱基准确性的周期时间
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Q
为什么选择全长微生物多样性
二代测序技术主要分析16s rRNA基因的部分序列，但不同的研究者分析不同细菌的16s rRNA基因区域。不同高变区短阅读长度扩增子的PCR引物选择将影响推断群落的准确性和某些细菌类群的敏感性，这使得在全球范围内比较微生物组研究变得困难。同时，由于某些高变区携带的变异信息有限，无法实现物种层面的物种注释，因此二代微生物的多样性研究通常在属及以上水平进行。三代16s rRNA技术可以一次检测出所有的高变区，不仅可以避免不同引物带来的偏好，还为提高微生物群落的分类分辨率提供了新的方法。
1.种水平分辨率高：2019年发表在Nature communications上的文章Evaluation of 16S rRNA gene sequencing for species and strain-level microbiome analysis（
