桓温伐燕失败后，将注意力转向东晋。东晋时期，在玩桓温的同时，北方正在发生剧变。

在击败桓温的战斗中做出巨大贡献的慕容垂，越来越受到慕容评家的怀疑。无奈之下，慕容垂在太和投奔了前秦四年。最大的对手叛变了，于是傅坚开始了灭燕的计划。傅坚的前燕未能如约将虎牢关以西的土地割让给前秦，派王蒙攻打前燕。太和五年正月，王蒙逼洛阳太守，待洛阳后回长安。同年6月，傅坚命王蒙率领6万步兵和骑兵再次进攻颜倩。前秦在王蒙的指挥下，打败了燕军，包围了前燕都城邺城。后来，傅坚率领数百名士兵攻克邺城。前燕皇帝慕容永逃出邺城，试图返回辽东根据地龙城。中间被前朝擒获，前朝颜死。此后，前秦先后灭了杨、张和鲜卑拓跋，逐渐统一了北方。

在前秦统一北方的过程中，东晋内部的权力博弈达到了顶峰。康宁元年七月，桓温之死使东晋渡过危机。桓温死后，他把军权交给了弟弟桓冲，南郡公被幼子桓玄封了。然而，桓温的太子桓Xi对这一安排很不满意，他与叔父桓宓和兄弟桓奇商议，要秘密谋杀桓冲。然而，桓冲发现这个计划失败了，桓等人被流放到长沙。

东晋时，桓温死后，谢安升为尚书仆从，总领吏部事务，加将军后，与王等人一起掌管政务，权力转移到太原王、陈手中。因为司马曜年轻，所以桓冲虽然没有他哥哥那么有野心，但是他的军事实力还是让谢安忌惮的。为了防止桓冲等桓的人物继续专权，谢安第三次邀请崇德太后褚蒜听政。随着三年五月王的去世，谢安的地位更加稳固和重要，东晋形成了谢安主政、桓冲主政的均势格局。

东晋虽然保持了内部平衡，但与前秦的关系发生了变化。早在康宁元年，双方就发生了冲突。桓温死后没多久，东晋凉州刺史杨亮为了保证凉州的安全，采取了攻为上的策略，命令儿子杨光从汉中以西攻打当时被前秦攻占的丘迟。但守军为精锐，晋军自然大败。杨亮听说前线战败，吓得不敢回盘县。9月前，秦军对汉川发起反击。

当年冬天，前秦开始进一步进攻。苻坚命王通、朱舟领兵二万出汉川，前禁将毛党、程序领兵三万直取剑门关。此时，杨良早已失去抵抗能力，在即兴军被击败后仓皇逃走，而汉中则被前秦夺取。另一边，程序的军队也顺风顺水，拿下了剑门关，打开了益州的大门，向前秦军推进。杨安也迅速南下配合程序作战，反过来继续有条不紊地执行攻占益州的作战策略。杨安包围了川北重镇梓潼，切断了梓潼与成都的联系，使其不能相顾。毛党迅速派兵南下，士兵们的行军速度和成都一样快。东晋自然不能坐视不理，派人从荆州增援，益州刺史孙选择坚守绵竹关，阻击前秦大军。但荆州援军行进缓慢，毛党部没有选择强攻绵竹。而是选择绕过绵竹，直奔成都，这让周陷入腹背受敌的境地。在孙的乱局下，他只率领五千精兵逃往中南地区，而前秦则利用了二州。福剑以杨安为益州牧业，镇为成都；毛是州刺史，镇是汉中；姚昌是宁州刺史，是河；王彤是丘迟周琴镇的刺史。当时桓温成汉的成就已经荡然无存。

太原元年正月，孝武帝司马曜拿了加币，崇德楚太后重归朝政。谢安在中学监督记录历史，成为真正的宰相。然而，谢安的手下一直缺乏一支可靠的军事力量。此时，既要防备国内仍盘踞在荆州的桓冲势力，又要防备国外日益强大的前秦政权。一支强大的军队成了谢安急需解决的问题。太原二年，谢安选侄儿谢玄为兖州刺史，镇守广陵。两年后，他还率领徐州刺史，驻扎在界碑府。在此期间，谢玄招募了刘牢之、何谦、诸葛侃、高峰、刘贵、罗天、孙武定等。，并整合了他们主要由难民组成的军队，这就是日后影响深远的北府军。

没过多久，北府军就有了机会。太元三年四月，傅坚派皮夫攻打襄阳。荆州刺史桓冲虽然全副武装，但由于害怕不敢实施救援。与此同时，司马曜命令谢玄派彭的内史、何谦、军巡和怀斯，前往思援。这是北府军第一次出战。同年七月，前秦彭超邀程鹏攻襄阳，此起彼伏。与此同时，傅坚从西线分担困难，生茂等从襄阳撤到淮阴、盱眙，与彭超会师。太原四年正月，襄阳失守，东晋守将朱序被俘。

襄阳失守，东晋的淮北也遭到了猛烈的进攻。前秦大将彭超率领七万骑兵攻打彭城。谢玄带领东关太守高恒、何谦守寺口，救援彭城。面对昔日军风正旺的秦军，谢玄传话让何谦进入彭超辎重所在的柳城。彭超迅速率领军队返回留在城里保护战壕。何谦迅速率军推进，解决了彭城之围，彭城守将戴云率领彭城部跟随何谦前往谢玄。彭超随后拿下已成为空城的彭城，然后进军南线进犯盱眙，对岸的军队也攻克了淮阴。同年三月，傅坚遣毛党、王献引二万兵出襄阳东进，彭超合兵攻淮南。五月，彭超费了九牛二虎之力攻下盱眙，又攻下东晋高密内史毛勋。然后，6万前秦军包围了你们的秘书罗天在三阿，这是只有一百英里以外的重要城镇广陵。东晋朝廷大惊，急忙出兵。水军至屠，右卫毛安之、游击王、淮南太守、宣城内士球守堂邑。但是毛党和生茂率领2万骑兵进攻唐邑，毛安之仓皇而逃。

在这个危机时刻，谢玄和他的北府军再次站了起来。谢玄很难从广陵进攻彭超。他首先派何谦的军队去打败三阿的敌人，清除罗天。彭超被迫退守盱眙。谢玄引何谦、戴云、罗天乘胜追击，难成，彭超又败，只得退守淮阴。谢玄派何谦等人在涨潮的时候带领水军沿河而行，并在夜间烧毁了淮桥。前秦大将邵宝战死沙场，却难以退守淮河以北。谢玄领兵穷追不舍，与他共战军川，再次破其军。另一边，在谢玄从军的刘牢之，攻破浮桥、白船，监军诸葛侃、单父县令杜丽，攻破运粮船。所有的困难，彭超继续向北逃跑，他的人已经分手了。有了这样的战功，东晋朝廷封谢玄为冠军大将，增设徐州刺史，还救了广陵封东兴郡侯。

对于这次惨败，傅坚也是怒不可遏，准备追究彭超的责任和一切困难。彭超自杀了，所有的困难都归于人民。傅坚不准备放弃攻灭东晋的计划。平息内乱后，傅坚准备动用全国之力消灭东晋，统一天下，一场大战即将爆发。