清朝入关后，十三陵的命运还算不错。

或许是因为多尔衮打出了“清贼为明报仇”的口号，他认为这是继承明朝正统的原因，也可能是为了安抚汉人。简而言之，清朝总是保护明十三陵不处于不稳定状态，以确保稳定。

在守陵人员方面，清廷设置了司襄使，即太监守陵。这个位置从顺治元年七月开始，每个陵墓有四个人。同年11月开始，除定陵外，每座陵墓改为两人。顺治八年五月，根据清史令，凌的太监被任命为与其他十二个凌相同的职位。顺治十七年，宦官也因停止定陵祭祀而被废除。康熙年间，定陵外十二陵有22个太监。乾隆二十二年，彻底消灭。

除了司襄的密使，清廷还设置了陵寝户，守卫陵寝附近的陵园建筑和树木。这个位置从顺治元年八月开始，每个陵墓24座，阿贝尔·塔马塔22座。

清朝建立后，明朝制定的所有对陵墓的禁令和陵墓兆域内不得随意出入的制度都被废除了。此后，陵园区的果园和陵寝监工成为自然村，陵园区外的农民不断向陵园区迁移，形成新的村落。

虽然针对明十三陵的禁止令已经放宽了很多，但明十三陵内的建筑、墓葬以及周围的树木仍然受到严格的保护。除了增加以上职位专门负责保护陵墓。在顺治、康熙、雍正、乾隆等朝代，皇帝亲自下令地方官员经常巡查，并命令陵寝看守人尊重和保护他们。顺治十六年，保护十三陵的圣旨刻在长陵宫龙跃碑上。

清廷也严惩了破坏十三陵的案件。例如，顺治三年三月，包括该县农民王珂在内的七个人盗走了郑贵妃的墓。事件发生后，他们被斩首并被政府遗弃。

光绪七年，除了历年允许耕种的土地外，私耕的情况日益严重，有的甚至被耕种到了大红门的正道和长陵阁石柱的根部。为此，户部在光绪八年同意:“立即关闭开垦的私人土地。每座陵墓的边界都被限制在宝城宫墙外三丈，这伤害了明州的界石...城墙外三丈以内的耕地，无论是延安侯成端耕种的，还是老区百姓耕种的，一律禁止...还有人侵占唐明和大红门的正道，总是竖起大楼的柱子。并立即禁止。.....到原契约下人民的土地的禁界内，另寻土地据为己有。不准弥补延安侯成端的私租和对唐明右道的私侵。”

此建议经大学生李鸿章、直隶总督张树声批准，改为“...保护陵墓的群墙最初建于明代，距离宝城和宫墙只有一尺五六尺。现在改成三尺，比原来的数字翻了一倍。”他们还提出，“随时仔细检查保护情况，不允许再多开垦一点...明显出界的地方，还是和辛人植一样，可以避免失位。”。

此剧呈现后，光绪皇帝下令:“直隶总督、天府知府指示八长路督伤昌平府周知，依户部议定之地界章程办理。边界内的耕地应当腾地封山保护。如果再有麻烦，国家会严肃处理。”

在这种严密的防御之下，清代十三陵没有受到过度人为的破坏，保护依然完好。但毕竟经过时间的淘洗，原本的样子早就失去了。顾的《长平山水》记载了顺治、康熙年间的情况:“十二陵只由茂陵完成，他的陵墓只有御榻，而茂陵还有属。”

中华人民共和国成立后，十三陵成为著名的历史遗迹。今天，十三陵被列入“北京五大必去景点”名单。2013年1月，十三陵的茂陵、泰陵、康陵、庆陵、永陵、德陵开始有条件接待游客。

清明期间，十三陵景区将举行明代皇家祭祀祈福仪式，再现万历八年清明节两宫太后祭拜长陵的场景。“万历皇帝”将从长陵摩恩门东门进入，身着蓝袍，龙颈窄袖四团，头戴黑纱翅，头戴好冠，虔诚地带领文武官员完成念愿、焚香、拜神、饮帛等仪式。

陵区植被深厚，那些明代的东西都写在史书里，埋在土里。